阿慕尔向尼罗河三角洲顶端推进时，被阻于今开罗附近的巴比伦堡，就地待援。巴比伦堡坚固难攻，守军约有2.5万人，统率这支军队的为亚历山大港主教兼总督居鲁士和西奥多拉斯，他们是从亚历山大港赶来防守巴比伦堡的。不久，祖拜尔·伊本·奥瓦本率援军到达，与阿慕尔军合力攻城。西奥多拉斯逃回亚历山大港，居鲁士被困于巴比伦堡内。阿拉伯人派出以黑人俄巴德·伊本·萨米特为团长的代表团，去尼罗河的劳达岛与居鲁士谈判媾和条件。代表团提出伊斯兰教、贡税和宝剑三种选择，居鲁士同意缴纳贡税，并立即回到亚历山大港，把媾和条件送往拜占庭王宫。希拉克略皇帝拒绝了媾和条款，以卖国罪放逐了居鲁士。641年4月6日，阿慕尔和祖拜尔发动猛攻，巴比伦堡陷落。阿拉伯军蜂拥入城， “安拉最伟大”的胜利喊声响彻巴比伦堡的各个大厅。
接着，阿拉伯人的铁骑奔向埃及首府亚历山大港。驻防亚历山大港的军队约5万人，另有拜占庭全部海军的支援。阿拉伯军队仅2万人，没有战舰和攻城机械，在数量上和装备上都处于劣势，而且人力的补充十分困难。但是，阿拉伯人的士气高昂，虽屡被弩炮击退，仍不撤离。641年2月，希拉克略去世。其孙君士坦丁二世(641-668年在位)执政后，重新起厢居鲁士，令其返回亚历山大港。这位主教希望脱离拜占庭，效忠阿拉伯人。641年11月，居鲁士向阿慕尔立约投降，接受成年人缴纳人丁税和以实物缴纳土地税的条件，并答应不让一个拜占庭士兵重返埃及，不让拜占庭人收复失地。幼弱的君士坦丁二世批准了这个条约，拜占庭帝国的富饶省区埃及，就这样落到了阿拉伯人手里。