新生儿最常见的消化系统畸形是狭窄（消化道的狭窄）和闭锁（消化道梗阻，被分割成两个独立封闭的部分）。导致这些先天缺陷的原因尚不明确。
消化系统的异常不仅影响新生儿的消化、吸收功能，还会带来其他风险。例如，消化系统疾病导致呕吐，新生儿吸入呕吐物导致气道梗阻和肺炎的发生。严重的呕吐和腹泻可导致脱水威胁生命。
梅克尔憩室
梅克尔憩室为先天性疾病，有一个异常的囊状物和消化道组织相连，一般接近于小肠末端（回肠）。正常人群中梅克尔憩室的发病率为2%，男性多于女性。梅克尔憩室通常不引起症状，只有在憩室发生梗阻、感染或者因为溃疡而出血时才会出现症状。胃黏膜分泌的胃酸刺激憩室可引起疼痛，甚至会引起大量的出血。在炎症比较严重时，囊壁会破裂，形成脓腔（充满浓液的腔室），或引起腹腔的炎症（腹膜炎）。有时候，梅克尔憩室会引起肠套叠（见下一页），即一部分肠管套入相邻的肠管之中，外形和望远镜有些相似。肠套叠多见于婴幼儿和学龄前期儿童。
症状和诊断
梅克尔憩室的症状包括：便血（暗红色血便），腹痛，呕吐，少数人可有发热。因为本病的症状和肠梗阻、阑尾炎、十二指肠溃疡穿孔非常相似，所以诊断起来非常困难。