不再以写作为寄托，他热心于植物标本。在英国武通时，邻人罗宾逊（Owd James Robinson）、农夫伯顿（Burton）和苏尔特（Salt）小姐注意到他每天外出散步，回来时带一大把植物。[271]英国早期浪漫派布斯比是德比郡人，既是卢梭的朋友，也是其敬仰者，他同样观察到，卢梭每天穿着亚美尼亚族的长袍上山采标本。[272]回法国后，他在巴黎北郊的克里希（Clichy）隐居，只关心植物学，“没人问起他，没人拜访他，没人谈起他，命运剧变，几乎比任何人的经历都突然”[273]。1767年10月，沃波尔从法国返回英国后将这一情况转告休谟，以示安慰，沃波尔以之为“惨境”的却是卢梭刻意追求的。1768年6月27日，《秘密回忆报》报道：“他一天到晚采集标本，对外联系少，不说话，不写东西，特蕾兹对外人说她的丈夫烧了《忏悔录》的草稿。”不久，他又去多菲内（Dauphine）山脉和阿尔卑斯山脉采集，1770年7月22日，在朋友帮助下进入凡尔赛宫的国王花园。[274]
卢梭生命后期的藏书单说明他在去世前未改变1766年的性情。1778年春，他到巴黎北郊的埃莫农维尔定居，随身带有《普鲁塔克文集》（十二卷）、塔索著作（一卷），其余为植物学作品，包括哈勒里（Albert Halleri）的《瑞士本土植物》、布封的《鸟类自然史》、奥布莱（Aublet）的《法属圭亚那的植物历史》、阿玛尼（Ammani）的《稀有植物》、图尔纳福尔（Tournefort）的《植物园结构》、亚当森（Adamson）的《植物族谱》、林奈（Linné）的《植物种类》《蔬菜种类》等。[275]卢梭对植物学的理解不同于当时的人，他们研究植物，是为发现自然的秘密，卢梭的“自然”不是理性意义的，是隐居时的情感归宿。与之相应，他的心境变了，像一个与世无争的老人，厌恶争斗与吵闹：