现实中，民办教育受到的歧视主要集中在民办学校法人机构、民办学校学生和民办学校教师三个方面。
民办学校法人机构受到的歧视。根据相关法律，民办教育是公益性事业，不以营利为目的，但是从事公益性事业的民办学校并没有被作为事业单位对待，在法人登记上被界定为“民办非企业法人单位”。虽属“非企业”，一些地方政府在许多方面比照企业标准要求民办学校，尤其是纳税与缴费方面“视同个体工商户”，对学校征收所得税和其他税，水电费标准也按照企业对待，民办学校在土地征用方面没有享受到与公办学校同等的优惠政策。另外，与公办学校相比，民办学校向国家或地方政府相关部门申请科研项目难；不能用相关资产作信用抵押，融资贷款难；民办学校因无行政级别不能及时得到政府相关政策信息。此外，在多数地方，作为公益事业的民办教育并没有得到政府公共财政的支持或补贴。
民办学校学生受到的歧视主要集中在社会优待、国家助学贷款、报考公务员或就业等方面，此外在当地政府组织的评奖评优、文艺体育活动中，民办学校学生常被忽视。这些现象在《民办教育促进法》出台前尤甚，近年有些缓和，但局部地区还没有解决，如民办高校毕业生参加公务员考试受限，一些企业拒聘民办高校毕业生等。义务教育阶段民办中小学学生享受不到“两免一补”等政策待遇，承担义务教育任务的民办学校没有得到相应的生均拨款。