1937年年末，陈果夫跟随南京政府迁往重庆，随后被蒋介石任命为中央政治学校教育长，在陈氏自己创办的国民党政训干部的最高学府主持工作。当时陈果夫的肺病很重，但培养党棍的热情极高，常支撑着病体去训练班讲课。
1939年陈果夫被调入委员长侍从室第三处。该处为新增设部门，是抗战时期蒋介石的重要人事参谋机构，担当着对政府机构中上层官员的考核、擢升和调查任务，属于执掌蒋家王朝“内廷”的实际权力机构。陈果夫执掌这个机构达六年之久，其麾下CC系的大小官僚便都成为近水楼台，这也是CC系势力在抗战期间大为发展的重要原因之一。
三、多才多艺、长袖善舞
抗战胜利后，侍从室第三处被撤销，陈果夫的“主任”之职自动停止。他这时候仍是中执委和中常委，经济界还挂着几个头衔。由于长期执掌党务大权，得罪了不少人，加上蒋介石有意制造派系矛盾，挑起其手下的四大支柱派系间相争相斗，相竞相克，以收绝对效忠自己之功，致使CC长期以来在党政系统中和政学系斗，在特务组织中和以黄埔为核心的复兴社斗，在经济部门中和以宋子文、孔祥熙为首的裙带派斗。无休止的倾轧，常常使陈果夫以及CC的其他头目焦头烂额，心力交瘁，也使CC的名声越来越臭。