双方的“拉锯战”，一直打到8月10日，日方才匆匆提出了索赔的具体要求：赔偿遇难的船员和乘客2003人生命财产1.9亿日元；对于船上装载的9812吨物质，给予3037万日元的赔偿；向日本政府赔偿船只以替代阿波丸，其规格、条件应当和阿波丸相同。
可是，尚未得到美方的答复，8月15日，日本就宣布无条件投降了。
此后，作为战败国，日本人只能忍气吞声，再不敢向“山姆大叔”提及阿波丸三个字。
1949年4月14日，日本首相吉田茂代表日本政府与美国政府签定协议，正式放弃了因阿波丸被击沉而产生的各项要求。阿波丸事件似乎画上了一个句号。但是，日本民间对日本政府的质疑声却由此而起。1964年11月，死难者家属相互联络，成立了专门委员会。1972年5月1日，该委员会联名向政府递交了长达数千言的《请愿书》：
关于阿波丸事件由美国转归日本政府赔偿问题，1966年及1967年春，我们先后拜见过处理此事的椎名、三木两位外务大臣，以及两位厚生大臣，希望做好善后处理工作；同年5月2日，我们曾向参众两院提出了“关于因放弃对阿波丸沉船索赔权而出现的善后处理事宜的请愿”，得到了受理（众议院内阁委员会审理1063号以及参议院审理1055号）；1969年2月，我们又反复向爱知外务大臣说明了立场和要求。