公元前338年，秦孝公得了重病。秦孝公一死，太子驷即位，即秦惠文王。他做太子的时候，为了反对新法，被商鞅定了罪，割去了公子虔的鼻子，又在公孙贾脸上刺了字。如今太子当上了国君，公子虔和公孙贾他们就得了势。这一帮人都是商鞅的冤家对头。以前的仇恨可得清算一下。秦惠文王就加了个谋叛的罪名，下令逮捕商鞅。
商鞅打扮成一个老百姓，打算跑到别国去。他到了函关（在河南省灵宝县南），天黑下来了，只好到客店去投宿。客店老板要检查凭证，商鞅交不出来。老板说：“这位客人真不明白。商君下过命令，不准我们收留没有凭证的人。我要是收留你，我的脑袋可就保不住了。”商鞅一听，这可真是哑巴吃黄连——有苦说不出。
当天晚上，他混出了函关，连夜逃到魏国。魏惠王恨他当初欺骗了公子印，夺去了西河，正想抓他。商鞅这才觉得这么大的天下，容不下他这么一个人。他又跑回自己的封地干脆起兵造反，被秦惠文王派兵镇压。商鞅死于战场上，但秦王不肯放放过他，即使是尸体，也被带回国都，当众处以“五马分尸”的极刑。