改革指挥机关
如何建立一个统一而高效的中央军事机关，更好地领导和落实改革的措施，改变政出多门、指挥系统紊乱是当时沙恩霍斯特面临的又一个重要问题。沙恩霍斯特分析了普军在战争中的失败原因，认为没有一个统一的指挥系统是普军不能很好地发挥战斗力的重要原因。因此改革派于1808年11月24日迫使国王宣布成立军事部，下设军事局和军事经济局。前者由沙恩霍斯特任局长，主要负责军队指挥；后者由一保守分子任局长，主要负责军队管理。但是由于规定军事局局长兼任总参谋长，因此，沙恩霍斯特的地位就要高得多。
军事改革的积极意义是显而易见的。改革唤醒普鲁士人民的爱国热情，提高军队的作战能力，为反拿破仑战争的胜利和统一德国奠定了基础。
鼓动人民战争
在沙恩霍斯特的一生中，反对拿破仑的解放战争是军事活动的主要方面。他认为欲驱逐拿破仑，必须广泛地发动群众。现代战争是民众的战争，这在他的学生克劳塞维茨代表改革派撰写的说明他们的政治观点的《三个信条》中得到了精辟阐述：现代战争是全民战争，不是国王打国王，不是一支军队打另一支军队，而是一个民族对另一个民族的作战，国王和军队都包括在民族之内。这种观点表明以沙恩霍斯特为代表的改革派代表了新兴资产阶级的利益，认为民族的利益高于王朝的利益，民族战争必须依靠全民参战才能取得胜利。在这一观点指导下，沙恩霍斯特处处注意武装民众、发动民众。