在这样的境况下，郑成功做出了“亲征”台湾的重大决策。从战略上来看，这是郑成功的一次根本性转变，也是一个英明而大胆的决策。这对结束祖国的分裂局面、维护祖国的神圣主权和保护领土完整，有着十分重要的意义。郑成功在酝酿、讨论收复台湾的过程中，做了不少准备工作。他不仅提前储备粮饷、练兵造船、侦察敌情，在物资上、精神上他也做了十分周密的安排。此外，他还制定了详细的作战方针：首先收复澎湖，作为前进基地；然后乘涨潮之机，通过鹿耳门港，在台江实施登陆作战；同时，切断台湾城与赤嵌城两地荷军的联系，分别予以围歼，再收复台湾全岛。
同年五月，清军渡过钱塘江，成功占领了浙江。此时的郑成功，痛心于国破家亡和人民苦难，再加上父亲不听他劝投降了大清;接二连三的打击，让郑成功心力交瘁，可是他又不甘心这样堕落下去。于是，郑成功继续提振信心、焚衣招贤、募兵抗清。清军入关之后，郑成功经过一场浴血奋战，终于攻取了厦门、金门，并把它们作为抗清根据地。他考虑到全局形势，认为如果只靠厦门和金门作为根据地，实在是势单力孤，是不可能实现恢复中原的大业。此时，郑成功突然茅塞顿开，他想到：如果赶走荷兰侵略者，收复国土台湾，扩大抗清根据地，壮大自己的力量，形势或许会好很多。再加之台湾人民早已经不堪忍受荷兰侵略者对他们的暴行，他们早就盼望赶走侵略者的那一天到来。于是，郑成功下定决心挥戈东征，以收复台湾。