在这样的境况下,郑成功做出了“亲征”台湾的重大决策。从战略上来看,这是郑成功的一次根本性转变,也是一个英明而大胆的决策。这对结束祖国的分裂局面、维护祖国的神圣主权和保护领土完整,有着十分重要的意义。郑成功在酝酿、讨论收复台湾的过程中,做了不少准备工作。他不仅提前储备粮饷、练兵造船、侦察敌情,在物资上、精神上他也做了十分周密的安排。此外,他还制定了详细的作战方针:首先收复澎湖,作为前进基地;然后乘涨潮之机,通过鹿耳门港,在台江实施登陆作战;同时,切断台湾城与赤嵌城两地荷军的联系,分别予以围歼,再收复台湾全岛。
同年五月,清军渡过钱塘江,成功占领了浙江。此时的郑成功,痛心于国破家亡和人民苦难,再加上父亲不听他劝投降了大清;接二连三的打击,让郑成功心力交瘁,可是他又不甘心这样堕落下去。于是,郑成功继续提振信心、焚衣招贤、募兵抗清。清军入关之后,郑成功经过一场浴血奋战,终于攻取了厦门、金门,并把它们作为抗清根据地。他考虑到全局形势,认为如果只靠厦门和金门作为根据地,实在是势单力孤,是不可能实现恢复中原的大业。此时,郑成功突然茅塞顿开,他想到:如果赶走荷兰侵略者,收复国土台湾,扩大抗清根据地,壮大自己的力量,形势或许会好很多。再加之台湾人民早已经不堪忍受荷兰侵略者对他们的暴行,他们早就盼望赶走侵略者的那一天到来。于是,郑成功下定决心挥戈东征,以收复台湾。