间接费用的分配
比如前文中介绍过的饮料公司的例子，在准确掌握成本后，如何分配间接费用就成了一个很大的问题。特别是在最近多品种少量化的影响下，间接费用的比率逐渐增大，这个问题就变得更加重要了。
另外，间接费用也并不是说只要按照实际情况进行分配就可以的。准确把握实际情况和公司部门及个人的评价完全是两码事。尤其是具有发展前景的事业，如果按照实际情况的数字来进行人事考核，那么很有可能影响这个很有发展前途的部门的工作积极性。因此，对于新事业应该少分配一些间接费用，从而降低该事业的负担。
对未开工经营资源的处理
任何企业也不可能将经营资源100%地利用起来，对于未开工部分的成本应该如何处理也是一个很难解决的问题。比如工厂有三条生产线，生产线1生产产品A，生产线2生产产品B，生产线3则处于停工状态。生产线1的折旧费可以直接算进产品A的成本之中，那么生产线3的折旧费应该在产品A和B中如何分配呢？虽然从准确把握实际情况的角度上来看，这个成本不应该分到A和B任意一个产品之中去，但对于企业全体来说却必须有人来承担这部分的成本。