他首先诬陷岳飞手下的将领张宪谋反，然后又诬陷岳飞之子岳云给张宪写过谋反信，是同谋。凭藉这些诬陷的罪名，岳飞与张宪就稀里糊涂地被关进了监牢。接着，他又借口质问岳飞几个问题，令他到当时的国都临安(今浙江杭州)去。岳飞一到临安，就被捕入狱。
为了掩人耳目，处死岳飞，秦桧宣布岳飞、岳云和张宪共同策划谋反。抗金名将韩世忠对此愤愤不平，他质问秦桧：岳飞抗金，何罪之有·岳飞谋反，证据何在·秦桧支支吾吾，作出了一个臭名昭著的回答：“飞子云与张宪书虽不明，其事体莫须有。”“莫须有”的意思，就是“大概有”。
按照秦桧的授意，岳飞三人很快就被判处死刑。在1142年春节的前一个晚上，在杭州风波亭遭到杀害，当时岳飞只有39岁。
很多人说，岳飞之死是愚忠的表现，令人叹息。但《三字经》的作者却大胆地认为，君臣之间有相互尊敬的义务，父子之间有相互爱护的亲情，夫妻之间有相互和顺的责任。这样，社会就能安宁，国家就能富强。