朱棣离座劝慰他说：“先生不要自己苦自己。我只是效法周公辅佐成王而已。”
方孝孺问：“成王在哪里？”
朱棣回答：“他已经自焚死了。”
方孝孺又问：“为什么不立成王的儿子为皇帝？”
朱棣道：“他尚年幼，国家需要有能力的大人来治理。”
方孝孺步步紧逼：“那为什么不立成王的弟弟呢？”
朱棣此时已经很不高兴，他强压住心中的怒火说：“这是朕的家事。”同时，朱棣命人备好笔墨纸砚，请方孝孺起草即位诏书。
方孝孺挥笔写下了几个大字：“燕王篡位。”并高声说：“你就是杀了我，我也不会给你起草诏书。”
朱棣说道：“哪那么容易死！你就不怕灭九族？”
方孝孺厉声喊道：“即便是诛十族又怎么样！”
就是这一声喊，喊出了中国历史上绝无仅有的“十族”之诛。
不久，方孝孺的家人宗亲连同门生故旧共计873人被磔杀于市，整个行刑过程持续了7天。同时株连的1 000多人被发配充军。十族全部清理完后，朱棣才对方孝孺本人下手。
1402年，时年45岁的方孝孺被磔杀于聚宝门外（今南京雨花台东麓）。
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方孝孺
明代大臣方孝孺（1357-1402年），字希直，又字希古，人称正学先生，浙江定海人，著名学者、文学家、散文家、思想家，其才学文章在当时颇负盛名，曾负责《明太祖实录》等书的编修。约洪武九年（1376年）拜宋濂为师，洪武十五年，受明太祖朱元璋召见，洪武二十五年授汉中教授。