不过毕竟是漫画主人公，又挨闷棍又被灌耗子药的工藤新一到底还是挺了过来，只不过当他睁开眼睛之后，却意外发现自己的身体变小了——从一个17岁的高二学生变成了一个6岁的小鬼——万幸的是，智商没有退化。
因为父母都在海外生活，身边也没一个能说上话的亲人，情急之下，新一找到了他父亲的挚友，和自己是忘年交的无厘头发明家阿笠博士，在一番解释并以屁股上面有颗痣，黑痣上面有根毛的绝密博士资料为证据，总算是让对方相信了眼前这个身高不过三尺的小朋友就是数小时前还威震东京的名侦探。
要说姜还是老的辣，很快，恢复了冷静的阿笠博士就提出两点，首先，不能再以工藤新一这个名字出现在人前了，要对所有人都保密；第二，住到你马子毛利兰家里去。
第一点是人都明白：既然人家要杀你，得知你居然命大没死成，那么自然会来杀第二次，像你现在这种五短身材，有几条命都不够砍的。至于第二点，新一虽说感到暗爽，但依然不明就里：为啥是他们家？
“兰的父亲毛利小五郎是私家侦探，你若是跟着他的话便又能接触到各类案件，里面说不定就会碰到把你身体变小的黑衣人组织哦。”
就这样，改名为江户川柯南的原高中生侦探工藤新一，在阿笠博士的安排下，住进了毛利侦探事务所，顺便还给他办了个学籍，去了附近学校读小学一年级。