1955年，英、美策划的中东军事集团——巴格达条约组织建立后，执行阿拉伯民族独立政策的埃及和叙利亚加强了合作，签订了两国共同防御条约，以抗衡巴格达条约组织。1956年1月成立了联合武装部队司令部，初步建立了两国在军事上联盟的关系。1957年9月，埃、叙两国又签订了经济联盟协定。1957年，土耳其与叙利亚发生边界纠纷，土耳其在美国支持下陈兵土、叙边境，威胁到叙的安全，埃及军队根据共同防御条约进驻叙境协防。1957年11月，埃、叙议会分别通过要求尽快实现联盟的决议。1958年2月1日，埃、叙政府发表联合宣言，宣布两国合并成立阿拉伯联合共和国（简称“阿联”），纳赛尔被选为总统。
埃、叙两国相距约1000公里之遥，且没有共同的边界，经济情况和社会习惯差别很大，两国合并后暴露出矛盾。纳赛尔作为阿联总统，过于强调了阿拉伯统一的神圣事业，而没有顾及叙利亚与埃及不同的国情，两国合并后就实施严格的中央集权，只把叙利亚作为一个“行省”对待。比如，纳赛尔不重视叙利亚人的副总统的职权，他指导一切国务活动，任命叙利亚地区的官员，叙利亚的外交和国防事务必须完全听命于开罗的外交部和国防部。埃及具有社会主义性质的经济措施以及严格的外贸规则，限制了叙利亚自由经济的正常运转，损害了叙利亚民族资产阶级的利益，也损害了叙利亚劳动者的利益。因此，越来越多的叙利亚人不满意叙利亚被并于埃及，认为自己已降为二等公民。几个月后，阿联当局在叙利亚地区大规模惩处反对合并的各界人士，封闭公开刊登文章反对合并的报刊。