毕业于世新大学广电系，早年担任摄影师、拍摄纪录片，之后投身电视剧创作，是三台金钟剧及公共电视单元剧经常合作的导演，作品多达20余部，且多次入围金钟奖，例如《假期》（1998）、《听彩虹的声音》（1998）、《少年午梦》（2000）、《记住‧忘了》（2001）、《童女之舞》（2001）等。但他真正大鸣大放的作品是2003年与公视合作、改编自白先勇1983年的同名小说《孽子》，该剧以男同志为主角，触碰禁忌题材，曹瑞原对几位主角细腻的刻化，以及精准掌握70年代的压抑氛围，使得该剧大获好评，并掀起一阵讨论风潮，《孽子》勇夺第38届金钟奖最佳连续剧、导演、女主角、灯光、音效、美术五大奖，曹瑞原的编导才华和风格化的影像美学深获肯定。
2005年曹瑞原再度将白先勇的短篇小说《孤恋花》搬上屏幕，该剧邀集袁咏仪、李心洁、萧淑慎、庹宗华等多位大牌演员演出，以6000万台币高预算打造出一部横跨40到60年代、超越性别和族群的乱世情爱，华丽的服装场景、逼真的战乱逃离场面，以及几位演员纠葛的同性/异性之爱，使得该剧再度获得广大回响，并一举入围了金钟奖最佳连续剧等12项大奖，最后抱走最佳男主角、男配角等5项大奖，成绩斐然。
在电视剧耕耘了20多年，曹瑞原始终以拍摄电影的严谨态度拍摄电视剧，《孤恋花》亦剪成电影版《青春蝴蝶孤恋花》，入围了包括台北电影节台湾电影奖、比利时布鲁塞尔、印度新德里等多个国际影展。
